Академія заснована на базі Київської та Лаврської братських шкіл. 1615 року отримала приміщення на Подолі від шляхтянки Галшки Гулевичівни.  Довгий час була єдиним вищим загальноосвітнім, всестановим навчальним закладом України та Східної Європи. Заснована на принципах гуманізму й просвітництва, академія поширювала освіту, сприяла відкриттю шкіл, фундувала бібліотеки, театр. Мала підтримку Війська Запорізького. Більшість гетьманів були її випускниками. Підвалини модерної науки заклав тут Київський митрополит Петро Могила. Відтак академія отримала ім’я свого опікуна.

Неодноразово знищувалася та закривалася, але й 1991 році після здобуття Україною незалежності її відновили за три тижні. Нині працює як потужний вищий освітній заклад.